Utilizan computación de alto rendimiento para simular los procesos que ocurren en los primeros instantes de la fotosíntesis

Informáticos, físicos y químicos de la UPV/EHU han ejecutado el paquete de software Octopus en las supercomputadoras más rápidas de Europa
Fotosintesis UPV

Investigadores del Departamento de Arquitectura y Tecnología de Computadores y del Departamento de Física de Materiales de la UPV/EHU colaboran con investigadores de diversas universidades (entre otras, Universidade de Coimbra, Universitat de Barcelona, Lawrence Livermore National Laboratory, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, University of Liege) en el análisis del proceso de la fotosíntesis, basándose en ciertas teorías, debido a que todavía no es conocido cómo absorben luz las plantas.

La molécula encargada de la fotosíntesis en plantas es la LHC-II (Light Harvesting Complex II), compuesta por más de 17.000 átomos. Los científicos no saben cómo actúa esta molécula cuando recibe fotones de luz. Se necesitan computadoras complejas y programas avanzados para poder simular moléculas tan grandes como esta. Joseba Alberdi, ingeniero informático de la UPV/EHU, ha realizado su tesis en este ámbito, gracias a la colaboración del grupo ALDAPA del Departamento de Arquitectura y Tecnología de Computadores de la Facultad de Informática y del grupo Nano-Bio Spectroscopy de la Facultad de Químicas.

El objetivo de la tesis del investigador Joseba Alberdi ha sido optimizar el código Octopus y conseguir un alto rendimiento, para poder obtener factores de aceleración adecuados en los cálculos que se realizan en las supercomputadoras. De hecho, para poder ejecutar este código en múltiples procesadores, se han tenido que mejorar diversos problemas de memoria y de rendimiento. Todavía es todo un reto ejecutar la molécula LHC-II en su totalidad, pero han conseguido simular partes importantes de la molécula.

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